Každý měsíc probíhají pravidelné měsíční odběry vzorků vody v projektovém území. Bylo stanoveno 26 profilů na české i rakouské straně území - na hlavním toku Malše, na největších přítocích a na největších zdrojích znečištění. U odebíraných vzorků se měří pH, vodivost a telota a následně v laboratoři se stanovují nerozpuštěné látky, absorbance, množství celkového fosforu (Pcelk), množství fosforu ve formě fosforečnanů (P-PO43-), dusík ve formě dusičnanů (NO3-), dusík ve formě dusitanů (NO2-), amonných iontů (NH4+), a vápník (Ca). Z fyzikálně chemických rozborů a analýz budou jasně definována problematická místa v povodí Malše. Výsledky budou sloužit jako podklad praktických opatření na obou stranách hranice vedoucí k eliminaci znečištění v toku, aby prostředí splňovalo podmínky nutné pro výskyt a přežívání perlorodky říční.