Prostředky EFRR jsou Vedoucímu partnerovi propláceny průběžně, a to na základě Žádosti o platbu, která je schválena Společným sekretariátem. Příspěvek EFRR je vždy vyplácen v EUR.
Po schválení Žádosti o platbu předá Společný sekretariát tuto žádost Řídicímu orgánu. Řídicí orgán provede formální kontrolu Zprávy o projektu, jejíž součástí je Žádost o platbu, a po schválení předá Příkaz k úhradě Certifikačnímu orgánu.
Platební jednotka Certifikačního orgánu převede platbu EFRR prostředků na Vedoucího partnera projektu zpravidla ve lhůtě 4 týdnů.
Povinnost Vedoucího partnera
Do 14 kalendářních dní převede Vedoucí partner jednotlivé podíly obdržených prostředků EFRR příslušným projektovým partnerům na jejich účty. Doklady o provedení platby (příslušné výpisy z účtů) je třeba nahrát do sekce Přílohy v eMS.
Zdroje ze státního rozpočtu pro české projektové partnery jsou vypláceny přímo na jejich jednotlivé účty.