Po úspěšném schválení projektu a podepsání smlouvy o poskytnutí prostředků z EFRR (Evropského fondu pro regionální rozvoj) začíná realizace projektu. Projekty musí být realizovány v souladu s podmínkami stanovenými ve Smlouvě. Za realizaci projektu nese celkovou zodpovědnost vedoucí partner projektu. Pokud se během realizace objeví jakýkoliv požadavek na změnu, je nutné informovat Společný sekretariát, a požádat o povolení změn, případně o vystavení pozměněné smlouvy o poskytnutí prostředků EFRR.
Platby příjemcům se realizují na základě žádostí o platbu. Platby se podávají prostřednictvím eMS po skončení etapy projektu.
V průběhu realizace projektu probíhají neustále administrativní kontroly, ale příjemce dotace musí počítat i s případnými kontrolami na místě. Kontroly mohou být plánované, ale i namátkové.
Každý příjemce musí zajistit dostatečnou publicitu projektu v souladu s pravidly tzv. povinné publicity.
Jednotlivé činnosti související s realizací a kontrolou projektu jsou podrobně popsány v Příručce pro příjemce.
