Každý projekt přeshraniční spolupráce musí uplatňovat princip vedoucího partnera.
V podstatě se jedná o určení hlavního partnera zodpovědného za realizaci projektu, který projekt oficiálně zastupuje a se kterým je podepsána smlouva o realizaci projektu. Spolupráce ostatních partnerů je zajištěna pomocí tzv. Partnerské dohody (viz příloha A5 Příručky pro žadatele), která upravuje jednotlivé kompetence partnerů projektu, vč. jejich práv a povinností.
