In allen Projekten der grenzüberstreitenden Zusammenarbeit muss das Lead-Partner-Prinzip angewandt werden. Im Wesentlichen handelt es sich darum, dass einer der Partner für die Durchführung des Projektes offiziell verantwortlich ist und den Fördervertrag unterzeichnet. Die Zusammenarbeit von anderen Partnern ist durch die sog. Partnerschaftsvereinbarung (siehe Handbuch für Antragsteller, Anhang A5) gesichert, die die Kompetenzen der Projektpartner, einschließlich ihrer Rechte und Pflichten festlegt.